计算机系统结构二级学科研究并行分布计算、新型计算机、计算机网络与通信、嵌入式系统、集成电路设计、信息存储、可信计算与容错计算等方向。其排名如下：
| 排名 | 校名 | 等级 | 排名 | 校名 | 等级 |
| 1 | 清华大学 | A++ | 10 | 吉林大学 | A |
| 2 | 浙江大学 | A++ | 11 | 电子科技大学 | A |
| 3 | 华中科技大学 | A+ | 12 | 北京邮电大学 | B+ |
| 4 | 北京大学 | A+ | 13 | 西安电子科技大学 | B+ |
| 5 | 上海交通大学 | A+ | 14 | 西安交通大学 | B+ |
| 6 | 东北大学 | A | 15 | 西北工业大学 | B+ |
| 7 | 复旦大学 | A | 16 | 武汉大学 | B+ |
| 8 | 中国科学技术大学 | A | 17 | 东南大学 | B+ |
| 9 | 哈尔滨工业大学 | A |
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